Refere-se ao estudo macroscópico e microscópico de peças cirúrgicas e biopsias através do processamento histológico e colorações específicas. O exame anátomo-patológico visa o diagnóstico de uma doença (patologia) através da análise de fragmentos de tecido ou órgão retirados por procedimentos de biópsia ou cirurgia. O diagnóstico é baseado na análise destas alterações morfológicas em conjunto com as informações clínicas fornecidas pelo médico assistente.

Fragmentos de tecido são processados e cortados em micras. Estas fatias muito finas e transparentes são colocadas em lâminas de vidro e tratadas com corantes que permitem a visualização das suas características morfológicas ao microscópio. A biópsia é o ato de coleta de um ou mais fragmentos de um órgão (pele, mama, fígado etc.) para estudos no laboratório. Peças cirúrgicas são aquelas provenientes de procedimentos cirúrgicos mais complexos. Em ambos os casos, o material deve ser fixado em formol e submetido ao exame anatomopatológico (histopatológico). A técnica básica utiliza dois corantes: a hematoxilina, que tinge estruturas nucleares em azul, e a eosina que tinge
estruturas citoplasmáticas em vermelho. Muitos outros corantes podem ser usados, levando em consideração sua Capacidade de reagir com substâncias específicas do tecido ou mesmo de agentes infecciosos, como bactérias ou fungos.
Utilizamos várias colorações especiais, dentre elas:

- ALCIAN BLUE
- AZUL DE TOLUIDINA
- HEMOTOXILINA
- GIEMSA
- PAS
- PEARLS OU AZUL DA PRÚSSIA
- RETICULINA
- TRICRÔMICO DE MASSON
- VERMELHO CONGO
- FITE FARACO

Biópsias: os tecidos ou biopsias coletadas devem ser acondicionados em frascos com boa vedação e imediatamente imersos em Formol (formaldeído a 10% sendo ideal tamponado) em volume superior ao tamanho do fragmento, evitando que o material grude na tampa e provoque artefatos que inviabilizem tecnicamente a análise. Colocar biópsias de topografias diferentes em frascos distintos. Peças cirúrgicas: ressecções parciais ou totais de órgãos, neoplasias de grandes dimensões e produtos de amputação de membros devem ser fixadas em formol 10% logo após sua obtenção. O volume ideal de formol é a quantidade suficiente para envolver todo o material. Quando a peça for grande para se atingir uma proporção adequada de formol, providenciar transporte no mesmo dia para o laboratório para minimizar os efeitos da autólise. É importante que o material esteja adequadamente identificado com etiqueta contendo o nome do paciente, número do registro (se for ocaso), designação da amostra e de sua topografia para evitar perdas, extravios. Não utilizar soro fisiológico para fixação.Requisição: deve ser acondicionada em uma embalagem plástica à parte e, então, colocar junto às amostras. Esta etapa é importante para proteger as informações do pedido médico caso o conteúdo líquido do frasco/saco extravase.